Bio-informaticien H/F

Descriptif

La cellule de bio-informatique a pour objectif de proposer une expertise et des outils afin d’accompagner les équipes médicales principalement dans le diagnostic des patients (ISO 15189) et dans leurs projets de recherche.

L’équipe travaille sur le traitement, l’analyse, la visualisation, la contextualisation et l’aide à l’interprétation des données issues de séquençage haut débit (NGS) dédiées aux nouvelles stratégies de diagnostic, notamment par analyse ciblées, d’exome, de génome complet, d’ADN circulant, de RNA-Seq ou de single-cell.

Dans ce contexte, l’ICR recrute un poste de bio-informaticien H/F en CDI.

Missions

Missions :

• Assurer le développement et la maintenance de nouveaux outils bio-informatiques innovants pour la caractérisation ou l’interprétation contextualisée de mutations.
• Participer au développement et la maintenance de chaînes de traitement dédiées aux nouvelles stratégies de diagnostic, notamment sur le séquençage ou l’analyse d’exome, de génome complet, d’ADN circulant ou de single-cell.
• Evaluer les outils et ressources existants et apportera des nouvelles solutions pour l’intégration et l’analyse de données.
• Participer à l’intégration des outils et banques dans les pipelines et outils internes existants.
• Participer aux réseaux nationaux et internationaux dans les domaines de la bio-informatique et du diagnostic médical.
• Participer à l’encadrement d’étudiants.

Profil

De formation supérieure, de niveau à minima Bac+5 de type ingénieur ou Master en bio-informatique, avec expérience en génomique associée au développement d’outils bio-informatiques autour du NGS.

Savoir-faire :

• Maîtrise d’un ou plusieurs langages de programmation parmi les suivants : Python3, bash.
• Connaissance des méthodes de traitement de données génomiques issues de technologies de séquençage à haut débit (SNV, CNV, SV, épissage, etc.).
• Connaissance de gestion de workflow (Snakemake), de conteneurs (Singularity, Conda, Docker) et d’ordonnanceur HPC (Slurm, SGE).
• Maîtrise de l’environnement Unix/Linux.
• Bonnes notions de statistiques appliquées à la biologie.
• Maîtrise de l’anglais scientifique et technique.

Savoir-être :

• Capacité à travailler en équipe dans un milieu interdisciplinaire.
• Rigueur, bon esprit d’analyse et de synthèse.
• Compétences en communication écrite et orale, en français et en anglais.

Serait un plus : 

• Notions en apprentissage machine (Scikit-learn).
• Notions en R et/ou Perl.

Rémunération