L'étude MyProbe

Le cancer du sein est le cancer le plus fréquent chez la Femme. On estime à environ 1,7 million le nombre de femmes atteintes d’un cancer du sein chaque année dans le monde. Dans les pays occidentaux, ce cancer est diagnostiqué à un stade précoce dans la très grande majorité des cas (> 95%). Pour environ 15% des patientes, le cancer va évoluer vers un stade métastatique. Cette situation se traduit par deux défis à relever :

·         Développer de nouveaux médicaments afin de diminuer le risque de rechute,

·         Prédire le risque de rechute afin d’éviter d’administrer des traitements lourds aux patientes qui n’en ont pas besoin.

 Ce travail bénéficie d’une aide de l’Etat gérée par l’Agence Nationale de la Recherche au titre du programme d’investissements d’avenir portant la référence ANR-17-RHUS-008

https://anr.fr/fr/investissements-davenir/les-investissements-davenir/

Ce projet est rendu possible par les collections d’échantillons biologiques constituées dans le cadre des différents essais cliniques promus par la R&D UNICANCER. Toutes les informations sur l’utilisation des données personnelles collectées sont consultables sur le site internet dédié :

http://mesdonnees.unicancer.fr/
 

CONTEXTE

Ces dernières décennies ont été marquée par de nombreuses avancées dans le traitement du cancer du sein. En particulier l’amélioration des hormonothérapies ainsi que le développement des chimiothérapies ont permis de diminuer le risque de rechute à environ 15%. En conséquence, un nouveau besoin a émergé d’identifier par avance les patientes qui présentent un risque important de rechute, ou au contraire celles dont le cancer est de bon pronostic.

Ceci doit permettre :

• De diminuer le coût de la prise en charge du cancer en évitant la prescription de traitements inutiles et couteux aux femmes qui n’en n’ont pas besoin.
• D’éviter les toxicités liées au sur-traitement des patientes dont le cancer est de bon pronostic.

Par ailleurs, l’identification de biomarqueurs biologiques prédictifs de la rechute permettra également d’accélérer le développement de nouveaux médicaments plus ciblés afin de diminuer le recourt aux chimiothérapies.

Une première génération de tests appelés “signatures génomiques” a été développée cette dernière décennie. Ces signatures ont permis de grandes avancées dans la compréhension des facteurs de risque de la rechute du cancer, mais présentent un certain nombre de limitations pour leur utilisation dans la prise en charge du cancer. La première est que ces tests ne sont capables de conclure à un faible risque de rechute que pour une faible proportion des patientes. Ainsi, seules 15% des patientes peuvent réellement en bénéficier pour éviter des traitements inutiles.

La seconde limite est que l’apport de ces tests par rapport au diagnostic réalisé par des anatomo-cyto-pathologistes spécialisés est faible. Enfin, ces tests ne sont pas performants pour évaluer le risque de rechute chez les patientes ayant eu un traitement préalable par chimiothérapie. Ainsi, bien que ces tests aient permis une avancée indiscutable dans le domaine de la médecine de précision, ils ne sont pas optimaux pour la prise en charge des patientes et il y a un besoin d’identifier de nouvelles signatures plus précises.

OBJECTIFS

L’objectif de MyProbe est de développer et de valider trois nouveaux tests moléculaires permettant de mieux caractériser le pronostic des cancers du sein précoce :

1. Développer une signature prédictive de la rechute pour les cancers luminaux présentant un risque de rechute élevé.

​Cet objectif s’inscrit dans la continuité des signatures génomiques de premières génération et doit permettre d’améliorer l’évaluation du risque de rechute. Ce projet consiste à identifier de nouveaux biomarqueurs prédictifs par des approches de séquençage de l’exome tumoral ainsi que par des techniques d’hybridation génomique comparative (CGH). Deux approches principales sont envisagées pour identifier les biomarqueurs d’intérêt :

• Rechercher les biomarqueurs associés à un mauvais pronostic en identifiant ceux qui sont le plus souvent modifiés dans les cancers métastatiques
• Evaluer l’hétérogénéité des tumeurs afin d’identifier les sous-clones tumoraux résistants aux traitements.

2. Développer un test basé sur l'ADN tumoral circulant.

​Ces dernières années, les techniques de détection de l’ADN circulant ont considérablement évolué. Elles permettent désormais de détecter de très faibles quantités d’ADN relarguées dans la circulation sanguine par les cellules tumorales. Ces techniques ont l’avantage d’être très peu invasives comparé à une biopsie et de permettre un suivi biologique régulier. L’objectif de MyProbe est de développer un test basé sur ces techniques pour identifier les rechutes de façon précoce, avant que la rechute ne soit visible.

3. Développement d'une signature de la réponse immunitaire pour les cancers du sein triple négatifs.

​Les cancers triples négatifs sont un sous-type de cancer du sein présentant le plus haut risque de rechute. Il semble toutefois qu’une mobilisation du système immunitaire du patient soit associée à un meilleur pronostic. Ainsi, MyProbe vis à développer une signature prédictive de la rechute spécifique à ces cancers et basée sur une mesure de la réponse immunitaire.

BENEFICES ATTENDUS

1. Santé publique

​Les économies potentielles pour le système de santé de santé sont potentiellement supérieures à 500 M€ par an en France. Ceci sera possible grâce à une diminution du recours à des traitements inutiles pour les patientes à faible risque de rechute.

Toxicités liées aux chimiothérapies évitées pour plus de 10 000 femmes par an en France.

Accélération du développent de nouveaux traitements grâce à l’identification de nouvelles cibles thérapeutiques.

2. Valorisation industrielle 

​Commercialisation de tests diagnostiques utilisables en diagnostic clinique pour un chiffre d’affaire potentiel estimé entre 15 et 36 M€ / an.

3. Equipes partenaires

Gustave Roussy

Institut Curie

Centre Léon Bérard

Unicancer

HalioDx

ORGANISATION DU PROJET

Objectif 1 : signature prédictive de la rechute des cancers luminaux : 

• WP1 : Altérations du nombre de copies des gènes ; équipes impliquées :  Institut Curie, Gustave Roussy, Unicancer. 
• WP2 : Evaluation de l’hétérogénéité intratumorale et identification de sous-clone tumoraux ; équipes impliquées : Institut Curie, Gustave Roussy, Unicancer. 
• WP3 : Caractérisation des polymorphismes génétiques ; équipes impliquées : Centre Léon Bérard, Unicancer. 
• WP4 : intégration des résultats des WP1 à 3, développement et validation d’une signature unique ; équipes impliquées :  Gustave Roussy.

Objectif 2 : test de détection précoce de la rechute basé sur l’ADN tumoral circulant

• WP5 : détection de la maladie résiduelle sur ADN tumoral circulant ; équipes impliquées : Centre Léon Bérard, Unicancer. 

Objectif 3 : ignatures immunitaires des cancers du sein triple négatifs

• WP6 : identification et validation des marqueurs moléculaires ; équipes impliquées :  Centre Léon Bérard, HalioDx, Unicancer. 

Objectif 4 : coordination du projet, valorisation

• WP7 ; équipes impliquées : Gustave Roussy, Unicancer.

COMPOSITION DU COMITE SCIENTIFIQUE

PUBLICATIONS

Tumor-Infiltrating Lymphocytes and Prognosis: A Pooled Individual Patient Analysis of Early-Stage Triple-Negative Breast Cancers

Sherene Loi, Damien Drubay, Sylvia Adams, Giancarlo Pruneri, Prudence A. Francis, Magali Lacroix-Triki, Heikki Joensuu, Maria Vittoria Dieci, Sunil Badve, Sandra Demaria, Robert Gray, Elisabetta Munzone, Jerome Lemonnier, Christos Sotiriou, Martine J. Piccart, Pirkko-Liisa Kellokumpu-Lehtinen, Andrea Vingiani,

Journal of Clinical Oncology, 2019

https://doi.org/10.1200/JCO.18.01010