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18/07/2017

Deux plateformes de séquençage très haut débit pour offrir une médecine génomique aux patients

Génomique AURAGEN - Photo : Centre Léon BérardPour intégrer la génomique au parcours de soins des patients, le Plan France Médecine Génomique 2025 veut favoriser la création de plateformes de séquençage très haut débit sur tout le territoire français. Deux projets pilotes ont été retenus.

Source : Gustave Roussy, Institut Curie, Centre Léon Bérard

Le projet AUvergne Rhône-Alpes Génomique (AURAGEN), porté notamment par les Centres de lutte contre le cancer Jean Perrin (Clermont-Ferrand) et Léon Bérard (Lyon) permettra d’entrer dans l’ère de la médecine génomique par une prise en charge diagnostique et thérapeutique plus personnalisée grâce au séquençage en routine de génomes individuels.

Le projet SeqOIA (Sequencing, Omics, Information Analysis), la plateforme génomique de Paris Région, à laquelle participent notamment les centres de lutte contre le cancer de Gustave Roussy (Villejuif) et l’Institut Curie, répond à un triple enjeu :

  • De santé publique, en proposant, grâce à une modification du parcours et l'organisation des soins, un accès égal au séquençage qu'il s'agisse de besoins diagnostiques, pronostiques ou thérapeutiques ;
  • Scientifique, technologique et clinique, en permettant une meilleure compréhension des pathologies dans les domaines du cancer, des maladies rares et des maladies communes, ainsi qu'en développant une expertise bio-informatique en sciences du calcul et des données ;
  • Économique, en développant une nouvelle filière industrielle et en réduisant les coûts pour le système de soin.

De vastes partenariats

AURAGEN est porté par un Consortium, composé d’un Groupement de coopération sanitaire (GCS AURAGEN) qui rassemble les 4 Centres Hospitalo-Universitaires de la grande région (CHU de Clermont-Ferrand, CHU Grenoble Alpes, Hospices Civils de Lyon et CHU de Saint-Etienne), les 2 Centres de lutte contre le cancer, le Centre Jean Perrin (Clermont-Ferrand) et le Centre Léon Bérard (Lyon), et l’Institut de Cancérologie de la Loire Lucien-Neuwirth. Outre le GCS et ses institutions, le consortium rassemble l’Université Claude Bernard Lyon 1, l’Université de Grenoble-Alpes, l’Université Jean Monnet de Saint-Etienne, l’Université de Cler¬mont Auvergne ainsi que l’Ecole des Mines de Saint-Etienne et la Fondation Synergie Lyon Cancer. Un partenaire industriel, la société Eurofins Biomnis, leader européen de la biologie médicale spécialisée, complète le consortium.

Le laboratoire de génomique médicale SeqOIA réunit au sein d’un groupement de coopération sanitaire (GCS) trois établissements de santé en Ile-de-France, l'AP-HP, l'Institut Curie et Gustave Roussy. Ce GCS est soutenu par  les sept universités d'Île-de-France hébergeant des facultés de médecine et l'Institut Hospitalo-Universitaire (IHU) Imagine avec lesquels, lorsque le partenaire industriel aura été choisi, il signera un accord de consortium. Ce consortium constitue une opportunité majeure pour la mise en place des programmes de formation indispensables pour accompagner toutes les facettes du déploiement de la médecine génomique (médecine, bio-informatique, mathématiques, bio-statistiques, etc.), ainsi que pour l'industrialisation des process de séquençage concernant le cancer comme les maladies rares.

Décryptage d'ADN, séquençage génomique : de quoi s'agit-il ?

Photo: Centre Léon Bérard

Le séquençage génomique haut débit permet d'observer les variations génétiques qui peuvent être à l'origine des cancers ou d'autres maladies rares.

AURAGEN permettra ainsi d'explorer les gènes de plus de 21 000 patients sur 4 ans, la première année du projet étant consacrée à sa mise en place. Il s'agit d'une lecture de l'ensemble du matériel génétique d'un individu (son code génétique) : on peut ainsi parler de décryptage d'ADN, pouvant mener vers une pratique médicale personnalisée.